VDNA Barcoding
L’unità di ricerca VDNA Barcoding, attivata in risposta al Bando per la creazione e lo sviluppo di unità di ricerca, nell'ambito dei programmi operativi "FESR Competitività Regionale 2007/13" e "FSE Occupazione 2007/13", avviata in data 08 marzo 2013, è costituita da Museo Regionale di Scienze Naturali (MRSN, capofila) e dalla cooperativa 3bite, coinvolgendo come partner anche il Parco Naturale del Mont Avic (PNMA) e il Parco Nazionale del Gran Paradiso (PNGP).
L'Unita di Ricerca (UdR) VDNA Barcoding nasce dall'idea di creare un centro di biotecnologie avanzate della Valle d’Aosta che intraprenda progetti di ricerca multidisciplinari finalizzati alla conoscenza e alla tutela della biodiversità alpina e che offra servizi di analisi genomiche.
Più in dettaglio, l'UdR è volta all'indagine di aspetti biologici, ecologici, genetici e tassonomici inerenti alla flora, fauna e microflora di ecosistemi alpini attraverso le informazioni derivanti da analisi genomiche fini, basate sul sequenziamento del DNA e su marcatori molecolari altamente polimorfici.
L’UdR è localizzata presso il Centro di Ricerca scientifico-naturalistico del Marais (La Salle), coincidente con la sede operativa del Museo Regionale di Scienze Naturali.
Progetto 1: Creazione della Banca del Germoplasma della Valle d'Aosta, con il supporto della caratterizzazione genetica di specie vegetali di interesse regionale
Il progetto si prefigge di realizzare la prima Banca del Germoplasma della Valle d'Aosta per la conservazione ex situ di specie vegetali alpine. La metodologia di raccolta dei campioni vegetali da conservare è sicuramente un punto cruciale poiché i lotti inseriti nella Banca del Germoplasma devono essere rappresentativi della variabilità genetica presente in campo. Le strategie di campionamento di una popolazione dipendono quindi dall'estensione della variabilità genetica all'interno della popolazione e dalla diversità esistente tra le differenti popolazioni. A tale scopo, sono state impiegate metodiche di DNA barcoding e di DNA genotyping per intraprendere preliminari studi di struttura e dinamica di popolazioni che hanno permesso campionamenti più efficaci e rappresentativi del pool genetico delle specie che si intendono conservare.
Un preliminare lavoro di selezione delle specie vegetali da indagare, svolto secondo i criteri della rarità, della vulnerabilità, dell'endemicità e della conservazione, viene eseguito seguendo le indicazioni fornite dal personale competente dei partner di progetto.
Il campionamento delle specie selezionate è rappresentativo di tutto il territorio valdostano. Sono quindi individuate stazioni di prelievo tenendo in considerazione i seguenti parametri: la distanza geografica tra le popolazioni, l'altitudine, il clima e gli habitat.
Sono state effettuate una prima fase operativa di preparazione e formazione, la seconda fase operativa di campionamento ed analisi molecolare, la terza fase operativa di allestimento banca del germoplasma e la quarta fase operativa di divulgazione e creazione rete.
Progetto 2: Genomica e fauna alpina: un nuovo approccio di indagine e monitoraggio della biodiversità valdostana
Il progetto rappresenta un approccio innovativo d’indagine e di monitoraggio della biodiversità della fauna alpina locale, basato principalmente sull'utilizzo della tecnica del DNA barcoding.
Il DNA barcoding permette un'identificazione rapida ed automatizzata delle specie animali, attraverso il sequenziamento del DNA, superando i limiti del tradizionale approccio morfologico come, ad esempio, la misidentificazione dei taxa, dovuta ad una plasticità fenotipica del tratto studiato o l’esistenza di taxa morfologicamente criptici, quali le "sister species" (cioè specie morfologicamente identiche, ma geneticamente diverse).
Gli obiettivi del presente progetto sono: indagare la classe Insecta e Arachnida, integrando i dati entomologici con quelli genomici, con particolare attenzione ai coleotteri (Staphylinidae e Carabidae), ai lepidotteri (Ropalocerae), agli imenotteri (Formicidae), agli odonati (Odonata) e ai ragni (Araneidae).
Il progetto vuole anche sviluppare protocolli d’identificazione genetica di vertebrati di interesse venatorio per la lotta al bracconaggio, con particolare attenzione alla specie protetta stambecco (Capra ibex).
I campioni animali sono stati raccolti sul territorio valdostano, in particolare all’interno del Parco Nazionale del Gran Paradiso e del Parco del Mont Avic.
Durante il periodo marzo-settembre del II anno del progetto e in riferimento alla FASE II il ricercatore team leader ha provveduto alla messa a punto ed estrazione del DNA dai campioni prelevati, in particolare sono state messe a punto e testate procedure per l'estrazione da insetti, tessuto, sangue e fluidi corporei, depositi fecali, penne/piume/gusci d'uovo ed è stata prodotto una procedura veloce e a basso costo per l'estrazione veloce del DNA da campioni in origine animale.
